まあ、中3だとFacebookよりInstagramかTikTokじゃないかな…うちの娘も同じくらいだけど、Facebookは「おじさんのSNS」って言われてる気がする（俺も使ってるけど）。
で、本題だけど、Eyezyならメッセンジャーのやり取りも見れるはず。ソーシャルメディアの監視機能のところにFacebook Messengerの項目があったと思う。ただ、スマホのアプリ側で何か特別な設定は必要なかったと記憶してるけど。
もしかして見れないってことは、息子さんがMessengerアプリ使ってないとか？今はFacebookアプリ本体じゃなくて別アプリだからね。あと、プライバシー設定で何かブロックされてる可能性もあるかも。
具体的にどの段階で詰まってるのか教えてくれたら、もうちょっとアドバイスできるかも。